복지부는 메르스로 피해를 입은 의료기관을 지원하기 위해 8월부터 조사를 시작했지만 해당 의료기관 자료 제출 등이 늦어져 보상액 확정이 늦어지고 있다고 설명했다. 이에 따라 메르스 환자 치료·진료 등에 참여한 133개 의료기관에 일반예산 1000억원을 개산급으로 우선 집행할 계획이다. 개산급이란 지급액이 확정되기 전에 어림셈으로 계산한 금액을 지급하는 방법이다. 복지부는 또 손실보상금 산정 작업을 10월 내로 마무리해 추가로 예산을 집행하겠다고 밝혔다.
메르스 환자가 발생하고 경유한 의료기관의 소재지 시군구 42곳에서 신청한 1379개 의료기관이 신청한 3177억원은 100% 지급할 방침이다. 이 외 지역에서는 1488개 의료기관이 3917억원을 신청했지만, 신청액의 약 21%인 823억원을 지원할 예정이다.