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개성공단 입주기업들은 정부 보상이 제대로 이뤄지지 않을 경우 법적 대응에 나선다는 방침이다. 특히 법조계 일부에서는 정부의 개성공단 가동중단이 법적 근거없는 초법적 조치라는 지적도 나온다.
이와 관련 민주사회를 위한 변호사 모임(민변)은 개성공단 가동중단 결정이 남북교류협력에 관한 법률(남북교류법)을 위반한 소지가 있다고 주장했다,
남북교류법 17조 4항에 따르면 통일부장관은 국가안전보장 등을 이유로 협력 사업을 정지할 수 있지만 6개월 이내의 기간으로 관계 행정기관의 장과 협의 후 결정해야 한다. 또 같은 조 5항에는 정지결정을 내리기 전 청문절차를 명시하고 있다.
2010년 대북투자 전문컨설팅 회사인 ㈜겨레사랑은 개성공단 입주를 앞두고 천안함 사태로 정부가 남북교역을 중단해 손실을 입자 정부를 상대로 민사소송을 냈다. ㈜겨레사랑측은 정부의 교류중단조치로 8억1100만원 규모의 피해를 입은만큼 정부가 이를 책임져야 한다고 주장했지만 재판부를 이를 받아들이지 않았다.
또한 설령 제재 조치가 적법하더라도 회사측이 입은 피해는 헌법 제23조 1항이 정한 특별 희생에 해당하므로 국가가 손실을 보상해야 한다고 요구했다.
그러나 재판부는 “대북정책은 가장 높은 수준의 정치적 군사적 판단이 필요한 영역인 점과 대북조치가 신속하게 결정되고 집행돼야 했던 점 등을 고려하면 전적으로 공익 목적에 따른 행위로 봐야 한다”며 정부의 손을 들어줬다.