합헌, 일부위헌, 헌법불합치 등의 판결에 따라 내년 이후 과세액이 달라지고 기존 납부세액에 대한 환급 소송도 이어질 수 있기 때문이다.
종부세와 관련한 쟁점은 크게 5가지로 볼 수 있다.
가장 논란이 되고 있는 것은 `종부세를 세대별로 합산해 과세하는 것이 정당하냐`는 것이다. 과세당국은 개인별 과세를 악용한 조세 회피를 방지하고 이를 통해 공평한 세부담 실현 및 소득재분배 효과를 도모하려는 것이기 때문에 정당하다는 설명이다.
반면 위헌이라고 주장하는 측은 "세대원 각자 재산을 공유재산으로 볼 수 없고 혼인한 부부나 세대원이 있는 사람을 차별 취급한다는 점, 조세회피는 상속세나 증여세로 방지할 수 있다는 점에서 정당하지 않다"고 주장하고 있다.
종부세가 `미실현소득에 대한 이중과세`라는 위헌론 측의 주장도 주목된다. 과거에 형성된 이익이나 재산에 대해 법 시행 이후 과세하는 것은 소급과세 금지원칙에 위배된다는 것이 위헌론 측 주장이다. 또 양도소득세에서 종부세를 공제하지 않는 것도 이중과세가 된다는 지적도 있다.
그러나 과세당국이나 합헌론을 펴는 측은 "종부세는 가격상승분이나 과거 발생소득에 대한 과세가 아닌 과세기준일 보유재산에 대해 과세하는 성격을 띄고 있기 때문에 문제가 없다는 입장이다.
지나친 세부담으로 개인이 소유할 수 있는 토지와 주택의 양을 제한하기 때문에 `시장질서, 사유재산제 부정. 1가구1주택자 거주이전 자유` 등 기본권을 침해한다는 위헌론 측 주장도 있다.
아울러 다른 재산(금융자산 등)과 달리 주택과 토지에만 과세하는 것은 평등원칙에 위배 된다는 주장, 부동산 과세의 경우 지방자치단체가 주체가 되어야 한다는 주장도 쟁점사안이다.
그러나 국세청은 주택과 토지의 사회적 공공성을 감안할 때 종부세 부과가 평등원칙에 어긋나지 않고, 종부세가 반드시 지방세여야 할 이유는 없다며 이에 맞서고 있다.