세입기준 연 5조원 전후인 에특회계는 60여 정부 예산 내 기금 중 교통시설특별회계, 농어촌구조개선특별회계 다음으로 큰 특별회계 예산이다. 정부는 석유·도시가스 수입·판매 때 거둬들인 각종 부과금을 에너지와 자원개발 사업에 활용하자는 취지에서 1995년부터 이를 운용해오고 있다.
정부는 2017년 에특회계법 시행령 개정을 통해 에너지 복지와 에너지 가격 안정화 지원사업 등에 활용할 수 있도록 했다. 재원 융자기관 역시 기관별로 흩어져 있던 걸 에너지공단으로 일원화했다.