농업경영체 등록서 안냈다고 법인세 면제 취소…대법 "부당"

[이데일리 이배운 기자] 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았더라도 법인세 면제 요건을 충족하면 법인세를 면제해야 한다는 대법원 판단이 나왔다.

서울 서초구 대법원 전경 (사진=이데일리 방인권 기자)

대법원 2부(주심 조재연 대법관)는 A영농조합법인이 이천세무서를 상대로 낸 법인세부과처분취소 소송에서 A법인 승소 취지로 사건을 수원 고등법원으로 돌려보냈다고 밝혔다.

법원에 따르면 사료 제조업을 하는 A법인은 2015년, 2016년 법인세를 신고하면서 영농조합 법인에 대한 법인세 면제를 신청했다. 하지만 이천세무서는 법인이 시행령에서 정한 ‘농업경영체 등록확인서’를 제출하지 않았다는 이유로 법인세를 면제하지 않고 그대로 고지했다.

이에 반발한 법인은 소송을 냈다. 관련 시행령이 2015년부터 시행되면서 기존엔 요구하지 않았던 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 했는데, 모법상 법인세 감면 대상은 변동이 없는데도 하위 규범인 시행령이 농업경영정보 등록 의무를 부과한 것은 법체계에 맞지 않다는 것이다.

하지만 1심은 시행령이 법인세 면제를 받으려면 농어업경영체 등록확인서를 제출하라고 명확히 규정하고 있다는 점을 들어 A법인 패소 판결했다. 2심도 1심의 판단이 맞다고 봤다.

그러나 대법원 판단은 달랐다. 재판부는 관련 모법이 법인세 면제 대상을 ‘농어업경영체법에 따른 영농조합법인’으로 규정할 뿐, 법인세 면제 요건에 농업경영정보 등록을 규정하지 않은 점을 지적했다.

재판부는 “이 사건 시행령이 농업경영체 등록확인서를 추가로 제출하라고 정한 것은 영농조합법인의 요건을 갖췄는지를 확인하려는 데 있는 것으로 보인다”며 “법인세 면제 대상을 농업경영정보를 등록한 영농조합법인으로 제한하려는 것이 아니다”고 지적했다.

재판부는 이어 “원심은 농어업경영체법에 따른 영농조합법인이 법인세를 면제받으려면 반드시 확인서를 제출해야 한다는 잘못된 전제로 판단했다”며 원심판결 파기 이유를 설명했다.