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실제로 공수처법상 공수처장은 다른 수사기관인 검찰·경찰로부터 원하는대로 사건을 넘겨받거나 넘겨줄 수 있는 막강한 권한을 갖는다. 더군다나 공수처장은 물론 수사처 검사들이 잘못된 수사 또는 기소를 할 경우 이에 대한 책임을 물을 장치조차 구체화되지 않아 권력 남용에 대한 우려의 목소리가 크다.
김 처장은 지난 19일 열린 국회 인사청문회에서 “공수처장의 권한이 너무 많다는 지적도 많다”며 “공수처장의 권한 행사를 할 때 이를 견제하거나 자문해주는 내부적인 장치가 제도적으로 있는 게 바람직하다”고 설명했다. 그러면서 “공수처 수사가 기존 검찰가 똑같다면 옥상옥이 된다”며 “질적으로 다른 수사를 해야한다. 결국 국민의 통제, 즉 헌법적 통제를 받아야 한다”고 말했다.
검찰총장에 대한 징계청구는 검찰 밖 법무부 장관에 권한이 있다는 점에 비춰 공수처장 징계 규정에도 지속 논란이 이어질 것으로 보인다. 공수처법상 처장이 징계혐의자인 경우 차장이 징계를 청구하도록 돼 있는데 야권에서는 “처장 밑 차장이 징계를 청구한다는 것이 현실적으로 가능하냐”는 지적을 내놓은 바 있다.