2023 KBO 퓨처스리그는 작년과 같이 북부(한화, LG, 고양, SSG, 두산)와 남부(상무, NC, 삼성, 롯데, KT, KIA) 2개 리그로 나뉘어 진행된다. 상무를 제외한 양 리그의 경기수는 팀간 18차전(홈, 원정 9경기)으로 편성됐다.
남부리그에 속한 상무는 북부리그에 속한 팀과 경기수가 적다는 의견을 반영해 인터리그 경기수를 추가하여 편성했다. 인터리그는 상무를 제외한 구단 간의 경기는 기존과 동일하게 6경기(홈, 원정 각각 3경기), 상무와 북부리그 간의 경기는 구단당 3경기씩 늘려 9경기(상무 기준 홈 6경기, 원정 3경기)를 편성하였다.
퓨처스리그는 구장 상황에 따라 일부 경기의 개최 장소가 변경될 수 있다. 서머리그 기간 중에는 춘천, 대구, 울산, 기장 등의 구장에서도 경기가 펼쳐진다.
한편, 2023년 퓨처스리그에는 작년 시범 운영했던 승부치기 규정이 정식으로 도입된다. 정규이닝 종료 시 동점인 경우 10회부터 승패가 갈릴 때까지 승부치기를 실시한다. 이때 타자는 이전 이닝 타순부터 타석에 들어서며, 주자는 해당 타석에 들어선 타자보다 선행 타순이었던 선수를 각각 1, 2루로 배치해 진행한다.