12기 교육은 3개 교육프로그램을 6개월 과정으로 진행했으며, ▲(농업기초교육) 재배기술, 병해충관리, 토양관리, 비료·농약사용 등 농업이론교육과 노지재배, 수경재배, 비닐하우스 설치, 스마트팜 환경제어, 용접 등 영농기술교육 ▲(현장인턴 실습교육) 희망작물 실습농장 파견 및 도제식 학습 ▲(비즈니스 플랜) 사업계획서 작성 및 창농 준비, 드론 및 농기계 자격증 취득 지원 등 총 736시간의 실습위주 교육으로 구성됐다.
농협은 향후 청년농부사관학교 교육과정 개편을 통해 ▲농협이념·사업에 대한 이해 ▲수준별 교육과정(입문,중급,고급) ▲지역농협과 연계한 현장 실습장 확보·운영 ▲한국농수산대학과 연계한 특화교육 제공 등을 통해 보다 효율적인 교육을 진행할 예정이며, 졸업생에 대한 기존 사후관리와 지원 또한 확대하여 영농정착 및 성장단계별 맞춤형 프로그램을 지속하여 운영할 계획이다.