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윤 후보는 먼저 검찰의 독립성과 정치적 중립성을 더욱 강화하겠다고 발표했다. 그 일환으로 법무부 장관의 구체적 사건에 대한 수사지휘권을 폐지하고, 검찰총장에게 독자적 예산편성권을 부여하겠다고 밝혔다.
현행 검찰청법상 법무부 장관은 검찰사무의 최고 감독자로서 일반적으로 검사를 지휘·감독하고, 구체적 사건에 대해선 검찰총장만 지휘·감독한다고 정한다. 헌정 사상 장관의 수사지휘권 발동은 총 4차례 있었는데, 모두 정치적 논란을 불러일으켰다. 특히 그중 대부분이 현 정부 들어 이뤄지면서 정치인 출신 법무부 장관의 수사권 남용이라는 지적이 제기됐다.
법조계에선 법무부 장관이 구체적인 사건에 대한 수사지휘권을 갖는 것은 바람직하지 않다고 입을 모은다. 현 구조상 검찰권에 대해 민주적 통제가 아닌 사실상 정치적 통제가 이뤄지기 때문에 정치 세력이 검찰권에 개입할 가능성이 크다는 지적이다.
이창현 한국외대 법학전문대학원 교수는 “기본적으로 법무부가 검찰의 인사권과 예산권을 쥐고 있기 때문에 법무부 장관의 수사지휘권은 필요 이상의 통제 장치로 보인다”며 “현재까지 법무부 장관의 수사지휘권은 검찰 수사의 정치적 중립성을 위한 통제장치로 사용된 것이 아니라 중립성이 훼손되는 취지로 사용됐기 때문에 없어지는 것은 당연하다”고 평가했다.
윤 후보는 ‘공수처 정상화’도 강조했다. 그는 공수처를 진정한 수사 기관으로 환골탈태시킨다며 고위공직자 부패 사건 관련해 검경 수사 또는 내사 중인 사건을 통보 받거나 이첩 받아 공수처가 우선으로 수사하게 돼 있는 조항을 폐지하겠다고 발표했다. 만일 그럼에도 공수처의 수사력 등이 개선되지 않을 경우 폐지까지 추진하겠다고도 했다.
이를 두고 법조계 일각에선 공수처 자체 수사 역량을 키우겠다는 취지지만, 결국 검찰의 수사 권한을 늘려 공수처를 고사시키는 데 방점이 찍혔다는 분석이 따른다. 한 법조계 관계자는 “공수처를 둔 상태에서는 고위공직자 범죄 수사의 우선권을 주는 것이 맞다”며 “수사의 효율성도 물론 중요하지만, 권한을 빼앗아 공수처를 고사시키는 것은 바람직하지 않다”고 지적했다.