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개정 사건사무규칙에 따르면 공수처에 기소권이 없는 사건에 대해 공수처는 불기소처분을 할 수 있고, 이 경우 고소·고발인은 항고·재항고를 하지 못하게 되며, 공수처법 제29조에 따라 법원에 재정신청만 할 수 있게 된다.
앞서 법무부는 지난달 16일에 이어 지난 18일 두 차례에 걸쳐 반대 의견을 전달했다.
또 공수처법에 대한 지난 2020년 11월 국회 법제사법위원회 논의 과정에서 공수처법 제29조의 재정신청 대상인 불기소 처분은 ‘기소권을 가진 사건에 한정’되는 것으로 논의가 이루어진 바 있다.
이에 논리적으로 기소권과 불기소 결정권은 동전의 양면과 같이 불가분의 관계에 있으므로, 공수처가 기소를 할 수 없음에도 불기소만을 할 수 있다는 것은 형사사법체계에 부합하지 않는 설명이다.
기소권 없는 사건의 재정신청에 대해 법원은 공수처에서 불기소처분을 내리는 것이 적법하다는 전제로 기각결정을 내리고 있다는 설명이다.
다만 법무부는 공수처 불기소 처분 불복에 따라 고소·고발인이 재정신청을 하는 경우에도 문제가 발생할 수 있다고 보고 있다.
법원이 재정신청을 받아들일 경우 검사는 즉시 공소를 제기해야 하는데, 이 경우 공수처 검사가 기소권이 없는 사건에 대해 기소를 하는 모순적 상황이 발생할 수 있다는 우려에서다.