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하지만 국방부는 KIDA 정관 제14조 5항 ‘임기가 만료된 원장은 후임자가 임명될 때까지 그 직무를 수행할 수 있다’는 근거를 들어 임명권자인 국방부 장관의 면직 결정이 있기 전까지 직무수행 기간이 연장된다는 입장이다. 이에 대해 김 전 원장은 “해당 규정은 연구원의 업무공백을 피하기 위해 후임자 임명시까지 당사자가 동의할 경우 원장의 직무를 수행할 수 있다는 것에 불과하다”고 반박했다.
이와 함께 김 전 원장은 감사원 감사 내용도 문제 삼았다. 우선 이재명 당시 민주당 대선 후보의 선거공약 개발을 위한 2021년 4월 텔레그램 대화방 활동에 대해 “당시는 이재명 후보의 당내 경선을 위한 캠프 구성 5개월 전으로 국방정책 관련 사항에 대해 국방정책 관련 전문가로서 지인과 정책 의견을 나눈 것일 뿐 캠프와는 무관하다”고 반박했다. 또 “KIDA 직원이 특정 후보 선거공약 개발에 참여토록 독려한 사실도 없다”고 강조했다.
그러면서 “실제로 참석한 기자의 자문일시 및 장소가 기재된 자문확인서와 KIDA 출입기록을 감사원에 제출했음에도 이러한 사항이 전혀 반영되지 않았다”고 지적했다.
김 전 원장은 “직원 채용과정에서 제척 대상인 KIDA 직원을 면접위원으로 승인해 채용에 영향을 끼쳤다는 것 역시 사실이 아니다”면서 “자신에 대한 이사회 심의·의결과 국방부 장관의 해임 결정은 절차면 내용면에서 위법·부당함에 따라 필요한 법적 조치를 진행할 예정”이라고 밝혔다.