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김 후보자는 과거 논란성 발언에 대해 “정치인으로서 태도, 생각과 행정부처에서 종합적으로 정책을 수립하고 사회를 이끌어가면서 국민 행복과 국익을 최우선 가치로 생각해야 하는 위치는 다르다”고 답했다. 당시 발언은 정치인으로서의 역할에 충실한 결과라는 취지로 해석된다.
김 후보자는 2019년 10월 국정감사에서 문재인 대통령의 기억력을 치매로 빗댄 발언을 해 국회 윤리위에 제소됐다. 그는 문 전 대통령의 기억력을 거론하며 “치매와 건망증은 의학적으로 보면 다르다고 하지만, 건망증이 치매 초기증상으로 나타날 수 있다”고 말했다.
본인과 장녀의 아파트 ‘갭투자’ 의혹에 대해서는 결백함을 재차 강조했다. 김 후보자는 식약처 재직 당시 세종시 아파트를 특별분양받은 뒤 실거주하지 않고 매도해 시세 차익을 거뒀다는 의혹에 대해 “그 아파트가 지금 굉장히 고액인데 투기 목적이었다면 지금까지 소유했지 팔았겠는가”라고 반문했다.
김 후보자의 장녀가 후보자의 어머니, 즉 외할머니로부터 상도동 아파트를 구입한 데 대해서도 고령의 모친이 노후에 쓸 현금이 필요해서 장녀가 매입한 것이라고 답했다. 그는 “나중에 (공직을 맡을 때) 오해받을까 봐 시세대로 매매 및 전세 거래를 했고 세금도 다 냈다”고 말했다.