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감사원에 따르면 정부는 예보를 통해 1996년 6월부터 2001년 11월까지 서울보증에 10조2500억원의 공적자금을 지원했다. 그러나 감사가 진행된 2021년 12월 기준 4조1333억원만 회수하고, 나머지 6조1167억원은 회수하지 못한 것으로 나타났다. 청산 기한은 2027년 12월31일까지다.
금융위 등은 서울보증에 대해 우선주를 상환받은 후 보증보험시장 개방 등을 고려해 자금회수 계획을 수립하기로 2010년 12월 합의했으나, 2011년 7월 우선주를 상환받은 후 보증보험시장 개방 여부에 대한 정책 방향을 확정하지 않고 정부 지배력(지분 93.58%)을 그대로 유지하고 있었다.
감사원의 실지감사가 진행되자 금융위와 예보는 뒤늦게 ‘서울보증보험 지분매각 추진계획’을 협의 마련했으며 7월 21일 공적자금위원회에서 심의 의결됐다. 감사원은 이로써 시정이 완료되긴 하였으나, 서울보증보험주식회사에 대한 공적자금 회수 관련 업무 추진 시 필요할 것으로 판단되어 관련 내용을 참고하도록 금융위원장과 예금보험공사 사장에게 통보했다고 말했다.