공익법인 투명성 높인다…감사인 `자율지정 4년, 정부지정 2년`

[세종=이데일리 공지유 기자] 정부가 올해부터 대규모 공익법인에 대해 도입되는 ‘감사인 지정제도’와 관련해 세부 시행규칙을 마련했다. 주기적 감사인으로 지정받으려는 감사인은 시행규칙에 따라 사전에 신청해야 한다.

기획재정부 전경.(사진=기재부)

기획재정부는 9일 감사인 지정제도를 포함해 지난해 개정세법 및 시행령에서 위임한 사항과 주요 제도개선 사항 등을 규정하는 내용의 ‘2021년도 개정세법 후속 시행규칙 개정 추진안’을 발표했다.

앞서 정부는 지난 2019년 세법 개정을 통해 주기적 감사인 지정 제도를 공익 법인에 도입하기로 했다. 상장회사에 적용됐던 주기적 감사인 지정제도를 공익법인으로 확대해 투명성을 확보하고 공익법인 악용을 막는 취지다. 정부는 이후 구체적 방안 마련을 위해 적용시기를 2년 유예했다.

지난해 세법개정에 따라 올해부터는 자산규모 1000억원 이상 공익법인은 4년간은 자율적으로 감사인을 선임하고, 2년은 기재부 장관이 지정한 감사인으로부터 감사를 받는다. 지정감사인은 사전에 감사인 지정 사전신청을 해야 한다.

이번 시행규칙에 따라 과거 2년 내 소속 공인회계사 3인 이상이 공익법인에 대한 감사 실무교육을 이수하거나 과거 5년 내 3개 과세연도 이상 공익법인 회계감사 실적을 보유한 경우에 사전 신청할 수 있다.

연도별 주기적 감사인 지정 수도 명시됐다. 전체 지정 대상 공익법인이 6개 연도에 균등 지정되도록 배분할 계획이다. 지난해 12월 말 법인 기준 자산 1000억원 이상 공익법인은 144개인 것으로 집계됐다. 이 중 올해 5월에 약 24개 공익법인을 지정할 예정이다.

지정순서가 빠른 공익법인부터 감사인 지정점수가 높은 감사인을 지정할 수 있다. 전년도에 지정 연기된 공익법인과 총 자산가액이 큰 공익법인 순이다.

이번 세법 개정안 시행규칙에서는 수입 부가가치세 면제대상이 되는 희귀의약품 범위도 확대됐다. 현행 수입 부가가치세가 면제되는 희귀병에는 고셔병, 부신이영양증 등 11종이 있다. 이번에 전신 중증 근무력증, 시신경 척수염 범주질환, 신경섬유종증 1형 등 3종이 면제 대상으로 추가됐다.

지난해 세법 개정안에서 본사 지방이전 세액감면 요건에 투자 및 근무 인원 요건을 신설한 것과 관련해 투자 대상 범위와 투자금액 계산 방법이 구체화됐다.

투자 대상 사업용자산의 범위로 이전본사에 소재하거나 이전본사에서 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지·건축물·차량 등)과 건설 중인 자산으로 규정됐다. 투자 금액은 산입기간 동안의 투자합계액에서 중도 처분한 자산의 취득 당시 가액을 차감한다.

이번 시행규칙은 입법예고와 부처협의, 법제처 심사 등을 거쳐 올해 3월 중 공포 및 시행될 예정이다.