"80억 돌려달라" SK하이닉스, 지방법인세소송서 패소

[이데일리 최영지 기자] SK하이닉스가 사업장이 소재한 경기 이천시와 청주시 등 지자체를 상대로 세금 78억여원을 환급해달라고 소송을 냈지만 패소했다.

14일 업계에 따르면 서울행정법원 행정6부(재판장 나진이)는 SK하이닉스(000660)가 지난 2020년 이천시와 청주시 흥덕구, 성남시 분당구, 서울시 강남구 등 지자체를 상대로 제시한 법인지방소득세 경정거부처분 취소청구소송에서 원고 청구를 모두 기각했다. 이는 앞서 SK하이닉스 사업장이 있는 지자체가 회사에 법인지방소득세를 환급해줄 필요가 없다는 앞선 대법원 판단에 따른 것으로 SK하이닉스 입장에선 계속해서 패소할 수밖에 없는 상황이다.

SK하이닉스는 지자체에 내는 법인지방소득세 중 연구·인력개발비를 공제받지 못하자 이 세금 일부를 돌려달라고 했지만 지자체는 이에 대해 거부 처분했다. 2014년 새로 시행된 지방세법과 지방세특례제한법에 따라 법인지방소득세 부과 방식이 바뀐 탓이다.

법인지방소득세는 중앙정부에 귀속되는 법인세와 달리 지자체에 내는 지방세다. 사건은 SK하이닉스가 법인지방소득세에서 연구·인력개발비를 공제받지 못하면서 발생했다. 법 개정에 따라 법인지방소득세를 법인세 과세표준을 기준으로 납부하게 되면서 이월공제 효과를 누릴 수 없게 된 것이다.

해당 법이 개정되기 전의 법인지방소득세는 법인세액의 10%를 지방정부에 내는 부가세 방식으로 징수·부과됐다. 이후 2014년 귀속 소득분부터는 법인세 과세표준에 1.0~2.5%를 곱해 내는 독립세 방식으로 바뀌었다.

이와 관련 회사 측은 “법인세법 개정 전 외국법인세액의 공제요건이 충족됐고 법인세 환급결정을 통해 추가공제세액에 관해 감면받아야 하는 법인세액 및 법인지방소득세가 확정돼 있었다”며 “법인세 이월공제 효과가 같은 기간 법인지방소득세에도 미친다”고 주장했다. 법인세법 개정 전에 확정된 법인지방소득세만 내겠다는 취지다.

법원은 원고 주장을 받아들이지 않았다. 재판부는 “납세 의무가 성립하기 전의 원인 행위 시 유효했던 종전 규정에서 이미 장래의 한정 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 및 과세를 유예한다는 내용을 규정하고 있지 않는 한 이는 단순한 기대에 불과하다”고 판시했다. 회사가 법인세 이월공제에 의한 법인지방소득세 감면 등을 신뢰했다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과하다는 것이다.

업계와 법조계에 따르면 SK하이닉스가 촉발시킨 법인지방소득세 소송을 잇따라 낸 기업들의 경정청구 금액이 수천억원대에 육박하는 만큼 향후 소송 향방에도 이목이 쏠린다. SK하이닉스가 2018년 400억원 상당 환급을 요청한 소송의 상고심은 원고 승소로 판결한 원심을 파기환송해 재판이 진행 중이다.

법조계의 한 관계자는 “여러 지자체가 법인지방소득세 경정을 두고 기업들과의 소송이 진행 중”이라며 “대법원에서도 고심 끝에 지자체 손을 들어주는 판단을 했을 것이고 파기환송심도 대법원 판단을 따를 것으로 전망된다”고 했다.