2020년 1월 30일 국내 5번 환자를 시작으로 서울의료원에서 입원 치료를 받은 코로나19 확진자는 총 2만 6,309명이며(5월 10일 기준) 이중 신내동 본원에 입원한 환자는 9,404명이다.
서울의료원은 2020년 2월 20일에 감염병전담병원으로 지정되어 중랑구 신내동 본원을 포함해 강남분원과 태릉과 한전 두 곳의 생활치료센터 등 총 849병상을 운영하면서 전국에서 단일 병원으로는 가장 많은 환자를 치료했다.
서울의료원은 전담병원 지정 해제 이후 외래 진료 확대 및 일반 입원 병상 전환 등 진료 정상화에 지난 1년간 온 힘을 다했다. 지정 해제 당시 38.5%에 그쳤던 병상 이용률은 지난 4월 기준 61.0%까지 회복되었고, 간호사 채용 확대 및 3교대 간호사 처우개선 수당 지급 등의 노력으로 인력 부족 문제 해결에도 나섰다. 이를 통해 하반기에는 전체 655병상 가동을 목표로 하고 있다.
하지만 코로나 발생 이전인 2019년에 72.8만 명이었던 전체 진료환자 수는 2022년에 51.3만 명으로 급감했으며, 올해도 월평균 진료환자가 4.9만 명에 그치면서 이 같은 추세가 개선되지 않는다면 올해에도 경영 적자가 지속될 것으로 전망된다.