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2014년 10월 7일 A씨는 경기 용인시의 한 보건소에서 독감 예방 접종을 맞았다. 11일 후 A씨는 허리와 오른쪽 다리에서 힘이 빠지는 증세가 느껴져 응급실을 찾았고 ‘길랭-바레증후군’이라는 진단을 받았다.
이듬해 A씨는 당시 질병관리본부(질병청)에 예방접종 피해보상을 신청했지만 받아들여지지 않았다. 질병청은 A씨가 마비 증상을 느끼기 전 과민성대장증후군 진단을 받은 사실을 들었다. 질병청은 “길랭-바레증후군이 위장관 감염에 의한 것인지, 백신에 의한 것인지 불명확하다”고 기각 사유를 밝혔다.
이에 A씨는 소송을 냈고, 1심은 각하 판결을 내렸다. 질병청이 최초 기각을 통지한 날을 기준으로 볼 때 행정 소송을 낼 수 있는 기간(처분을 알게 된 후 90일)이 이미 지났다는 이유에서다.
2심 재판부는 예방접종과 A씨의 길랭-바레증후군 사이의 인과관계를 인정했다. 재판부는 “예방접종과 길랭-바레증후군 사이 밀접성이 있고 예방접종으로부터 발생했다고 추론하는 것이 의학이론이나 경험칙상 불가능하지 않다”며 “길랭-바레증후군이 예방접종이 아닌 다른 원인으로 발생한 것이 아니라는 정도의 증명이 있다고 볼 수 있다”고 판시했다.