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서울시는 직결열차 9호선 구간(중앙보훈병원역~김포공항역)의 연간 운영비 100%와 시설공사비 30%를 부담한다. 인천시는 9호선 구간의 공사비 30%를 분담하기로 했다. 나머지 공사비 40%는 국비로 마련한다. 서울시는 전체 직결열차 6량짜리 8편성 중 4편성의 제작을 맡는다. 나머지 4편성 제작은 공항철도㈜가 발주할 것이라고 서울시는 설명했다.
그러나 직결열차 운행 거리, 차량 편성, 이용료, 총사업비 등이 정해지지 않아 사업비 분담 규모 등을 추산하기 어려운 상황이다. 직결사업은 직류전기를 사용하는 9호선과 교류전기로 운행하는 공항철도 노선을 모두 이용할 수 있는 직류·교류 겸용 열차를 도입하는 것이다. 이를 위해 양 구간에서 전기·통신 체계 변경 등의 시설공사가 필요하다.
2015년 용역은 9호선 3단계 준공을 고려해 인천공항제2터미널역~김포공항역~중앙보훈병원역 80.2㎞를 대상으로 해 8편성 배차 간격이 35분이었지만 9호선 4단계 연장(2028년 준공)에 따라 중앙보훈병원역~고덕강일1지구(4.1㎞)가 추가되며 배차 조정 등 여러 변수가 생겼다.
국토부는 차량 추가 제작 검토가 필요하고 9호선과 공항철도 구간의 운임 차이, 양 구간에서의 운행 속도, 정차역, 구간별 운영 주체, 사고 발생 시 책임 소재 등을 협의하는 데 오래 시간이 걸릴 것으로 내다봤다.
국토부측은 “공항철도를 운영하고 있는 공항철도㈜와 사업 방식 등을 준비하지 못했다”며 “여러 기관과 협의해 하나씩 검토해야 한다”고 말했다. 이어 “2015년 용역 이후 8년이 지나 모든 조건이 변했다”며 “민간업체인 공항철도㈜와 관련 재원을 어떻게 마련할지도 큰 과제이다”고 덧붙였다.