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외국인 근로자의 연말정산 방법이나 일정은 내국인 근로자와 동일하다. 다만, 일부 소득공제나 세액공제 항목은 외국인에게는 적용되지 않으며, 소득세 감면 등 일부 조세특례는 외국인에게만 적용된다.
거주자는 주택자금 소득공제, 주택마련저축 납입액 소득공제, 월세액 세액공제가 적용되지 않는다. 비거주자는 본인에 대한 기본공제와 연금보험료 공제 등 일부 공제만 허용되며, 의료비·교육비 등 특별세액공제를 포함한 대부분의 소득·세액공제가 허용되지 않는다.
외국인에게만 적용되는 과세특례로는 국내에서 최초 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간까지 받는 근로소득(비과세소득 포함)에 대해 19% 단일세율로 세액을 계산해 정산하는 것을 선택할 수 있다. 엔지니어링 기술도입 계약 체결 또는 외국인 투자기업의 연구원으로 근무하는 등 요건을 충족하는 경우 발생한 근로소득에 대해 2년간 소득세의 50%를 감면한다.
올해부터는 종교인이 종교단체로부터 지급받은 소득이 연말정산 신고대상이 되는데, 외국인 종교인도 내국인과 마찬가지로 연말정산 의무가 있다.
한편 국내 발생소득이 있는 외국인은 근로소득 연말정산 외에도 종합소득세 신고, 일용근로소득 원천징수 등 다양한 방식으로 국내에서 세금을 신고 납부하고 있다.
이외에도 연말정산 대상이 아닌 일용근로자 49만9000명이 700억원을 신고해 총 100만명이 넘는 외국인 근로자가 국내에 8407억원의 소득세를 신고했다.
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