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김지용 부장은 수정안의 핵심적인 문제점으로 경찰수사 결론에 따라 검사의 보완수사 범위가 달라진다는 점을 꼽았다. 경찰이 어떤 사건에 무혐의 결정을 내리면 경찰의 수사가 미비해도 검찰은 진범, 공범, 범죄수익환수에 대한 보완수사를 할 수 없다는 것이다.
또 다른 문제점으로는 고발인이 경찰 수사 결과에 이의신청을 할 수 없는 부분을 꼽았다.
검찰에 따르면 공무원 범죄에 대한 고발이나 선관위의 선거범죄 고발 등 특별한 경우를 제외하면 고발인은 재정신청 자체가 불가능해 사실상 항고·재항고가 실질적인 구제 수단이다. 항고·재항고는 검사의 불기소 처분에 대한 불복절차로 검사가 사경 사건을 송치받는 것이 반드시 필요하고, 검사가 송치받는 방법 중 하나가 고소인·고발인·피해자의 이의신청이다.
김 부장은 “그 동안 고소나 신고조차 제대로 할 수 없는 사회적 약자들은 시민단체 고발이나 공익신고자 등을 통해 구제받아 왔다”며 “이들은 앞으로 어떻게 구제받을 수 있을까, 다시 한 번 법안의 재고를 호소드린다”고 밝혔다.