양 기관은 지난 2004년 업무협약을 맺고 국군의무사령부 예하 부대인 국군수도병원, 국군대전병원, 국군대구병원, 국군함평병원을 방사선비상진료기관으로 지정하여 방사선 비상 사태 발생 시 군의 체계적인 대민 지원을 위한 방사선 비상진료 전문 교육프로그램 공동운영과 인력·기술 교류를 이어오고 있다.
주요 협력강화 분야는 △비상진료 전문 교육프로그램 운영 및 인력 교류 △ 방사능 오염 측정·제거와 인체 영향 추적 관리 △ 생물학적 선량평가 및 보건물리 분야 기술 교류 △ 방사선 피폭환자 치료법 정립 △ 방사선 비상진료 연구자료 공유 등이다.
한편 국군의무사령부는 전국 군병원과 의무학교, 의학연구소 등 15개의 부대를 두고 전군 의무지원 및 군환자 전문 진료를 비롯해 군진의학 연구개발에 중추적인 역할을 담당하고 있다.
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