JMS의 실체는 지난 1999년 SBS ‘그것이 알고 싶다’ 방송을 통해 처음으로 폭로됐다. 당시 취재진은 정씨가 여신도들과 집단 성관계를 갖고 신도들에게 불우이웃돕기를 빙자한 앵벌이를 시켜 교단재정을 충당한 사실을 밝혀냈다.
정씨에게 성폭행을 당한 여신도들은 정씨가 스스로 메시아를 자처하면서 “하나님이 나에게 세상의 모든 여자를 허락하셨고 거절하면 큰일을 당한다”며 자신들을 강제로 추행하고 상습적으로 농락했다고 주장했다.
정씨는 2003년 7월 홍콩에서 불법체류 혐의로 이민국에 붙잡혀 한국으로 압송될 위기에 처했으나, 미화 10만 달러를 내고 보석으로 풀려난 뒤 곧바로 중국으로 밀입국했다.
2003년 서울지방법원은 정씨의 성폭행 혐의를 인정해 3억8000만원을 배상하라고 판결했고, 이밖에도 사기와 횡령 등 갖가지 혐의로 인터폴에 적색수배자로 분류됐다.
정씨가 8년 동안 붙잡히지 않았던 데는 국정원과 검찰 내부 조력자들의 역할이 컸다고 알려져 있다. 정씨에게 수사 내용을 알려주고 출입국 조회를 해준 수원지검 안산지청 이모 검사는 직무상 권한 남용 혐의로 징계위원회에 회부됐다. JMS 신도인 국정원 직원 윤모씨도 수사기밀을 누설하고 정씨를 비호한 이유 등으로 지난해 해임됐다.