재정경제부 제2차관에는 권태신 청와대 경제정책비서관(행시 19회)가, 산업자원부 제2차관에는 이원걸 산자부 자원정책실장(17회)이 선임됐고, 외교통상부 제2차관에는 유명환 주 필리핀 대사가, 행정자치부 제2차관에는 문원경 행자부 지방행정본부장(17회)이 임명됐다.
통계청장과 기상청장, 해양경찰청장은 현 오갑원 청장과 신경섭 청장, 이승재 청장이 모두 유임됐다.
아울러 국방획득제도 개선 및 방위사업청 개청 준비단장에는 김정일 국방부 조달본부장이 임명됐으며 김 단장은 2006년 1월1일 방위사업청 개청과 함께 방위사업청장을 맡게 된다.
김 수석은 또 "용퇴 등의 사유로 공석이 발생한 자리의 경우 해당 기관내 통합관리 능력과 업무능력, 혁신능력 등을 갖춘 사람을 선임했다"고 밝혔다.