다만, 119개 국가공공기관과 143개 지방공기업 중 유일하게 서울시 산하 5개 공기업(서울메트로, 서울도철, SH공사, 서울농수산식품공사, 서울시설공단)만 성과연봉제를 미도입한 상황에서, 서울시의 명확한 도입의지가 반영되지 않은 이번 합의에 대해 정부는 강한 우려를 표명했다.
고용노동부는 “성과연봉제는 보수체계 개편을 통해 공공기관의 효율성을 높이기 위한 것”이라며 “서울시 산하 지방공기업들도 연내에 성과연봉제를 도입해야 하고, 성과연봉제와 저성과자 퇴출제는 별개 제도라는 것이 정부의 일관된 입장”이라고 강조했다.
그러면서 “성과중심 문화 확산에 있어 서울시 산하 지방공기업만 예외가 되어서는 안된다”며 “서울시는 조속히 논의를 시작하고 논의 개시 및 합의 시한 설정 등 성과연봉제 도입의지를 분명히 해야 한다”고 지적했다.
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