우선 공동위 사무처는 주중을 근무일로 하며 각자 필요에 따라 운영시간 외에도 근무할 수 있도록 했다. 다만 남북은 긴급한 문제처리에 필요한 연락체계를 개설해 유지하기로 했다.
양측 사무처장 회의는 매주 목요일 갖기로 했으며 필요할 경우 수시로 열 수 있다. 사무처장 회의에서는 사무처 운영에서 제기되는 문제들을 협의하고 내주 예정된 주간 일정을 교환하며, 매월 마지막 주 회의에서는 내달 예정된 일정을 교환키로 했다. 양측은 매일 9시30분 정기협의에서 일일 업무계획을 교환하고, 필요한 사항을 협의키로 했다.
양측은 원활한 연락을 위해 사무처 간 직통전화와 개성공단 구내전화를 두기로 했으며, 남측 사무처와 남측 지역 사이의 직통전화 3회선을 놓고, 남북 당국 간 회담 시에는 상호 협의해 필요한 회선을 보장키로 했다.
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