자문위가 확정한 이원정부제안은 대통령의 권한을 줄이고 총리와 국회 권한을 늘리는 것을 골자로 한다.
자문위 보고서에 따르면 5년 단임의 대통령을 국민이 직접 선출하게 되며 대통령은 계엄권과 적의 포위 공격에 대한 긴급명령권 등 국가원수로서의 지위를 갖게 된다.
또 대통령은 국회가 선출하는 국무총리, 대법원과 대법관, 헌법재판소장, 헌법재판관, 중앙선관위원장과 위원 등에 대한 임명권을 부여받게 됐다.
국회에서 재적 과반수로 선출되는 국무총리는 행정수반으로서 치안, 국방, 외교 등 일상적인 국정전반 통할권과 내각 구성권을 행사하도록 했다.
이와 함께 국회는 내각 불신임권을, 내각은 국회 해산권을 인정받게 된다.
자문위 함성득 간사는 "대통령이 국회 해산권을 갖게 되기 때문에 생각한 것만큼 권한이 약한 것은 아니다"고 설명했다.
자문위는 또 이원정부제든 대통령제든 상하원 양원제와 상시 국회제를 도입할 것을 제안했다.
상,하원의 인원은 법률에 위임하며 하원은 4년, 상원은 6년으로 하되 하원은 직선으로 4년마다 교체하고 상원은 직선으로 2년마다 교체하도록 했다.
각 원에 발의된 법안은 원칙적으로 양원에서 의결되도록 하고, 양원의 의사가 일치하지 않을 경우 양원협의회에서 단일안을 만들도록 했다.
이 밖에도 자문위는 사법제도 등을 제고했다.
자문위는 대법원과 헌법재판소의 권한 범위를 명확히 하고, 헌법재판소의 권한을 대폭 강화하기로 했다.
자문위는 현재 대법원과 국회, 대통령에게 각각 부여된 헌재 재판관 9명의 추천권을 국회로 넘기고, 헌재 재판관의 임기는 현행 6년에서 9년으로 늘렸다.
헌법재판소에 추상적 규범 통제권을 부여했으며 조약의 위헌 여부에 대한 심판권도 인정했다.
아울러 자문위는 국민 기본권도 대폭 강화했다.
인권의 보편성과 인권 보장의 세계화 추세를 고려해 정치적 망명권을 신설했으며 사상의 자유를 명문화하고 평등권 강화를 위해 출생, 인종, 연령, 정신적 정애 등 차별금지사유를 추가했다.
자문위 김종인 위원장은 "민주주의에 적합하지 않은 권력을 분산하기 위해 의견을 모으고 두 안을 병렬로 제안했다"며 "정략적 이해관계에 좌우되지 않을 수 있도록 2010년 지방선거 전까지 개헌이 이뤄지는 것이 바람직하다"고 밝혔다.