기획재정부 1차관에 최중경 국제부흥개발은행(IBRD) 이사를, 2차관에 배국환 기획예산처 재정전략실장을, 교육과학기술부 1차관에 우형식 대학지원교육부 국장, 2차관에 박종구 과학기술본부 과학기술혁신 본부장이 각각 내정됐다.
지식경제부 1차관에 임채민 중기특위 정책조정실장, 2차관에 이재훈 산업자원부 2차관, 보건복지가족부 차관에 이봉화 대통령직 인수위원회 사회문화분과위원, 환경부 차관에 이병욱 세종대 교수가 각각 발탁됐다.
외교통상부 1차관에 권종락 대통령 당선자 외교의전팀장, 2차관에 김성환 주(駐) 오스트리아 대사, 통일부 차관에 홍양호 통일부 남북회담본부 상근대표, 법무부 차관에 문성우 법무무 검찰국장, 국방부 차관에 김종천 전 합참 전략기획본부장이 각각 내정됐다.
농림수산식품부 1차관에 정학수 농림부 정책홍보관리실장, 2차관에 박덕배 국립수산과학원장, 국무총리실국무차장에 박철곤 국무조정실 기획관리조정관, 국무총리실 사무차장에 김영철 에너지관리공단 비상임이사가 각각 내정됐다.