당초 대통령 집무실을 광화문 정부청사에 두는 방안이 유력한 것으로 알려졌다. 하지만 대통령 경호 문제 등이 제기되면서 이미 외부와 차단돼 있는 국방부 청사가 대안으로 급부상하는 모양새다.
국방부에는 지하 벙커도 있기 때문에 대통령이 유사시 사용할 수 있는 이점이 있다. 또 2대의 헬기가 동시에 이·착륙할 수 있는 헬기장도 갖추고 있다. 의전을 위한 영빈관 역할은 국방컨벤션을 활용하면 된다.
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국방부 영내 건물과 부지가 상당한 만큼, 국방부는 이전하지 않고 공간 재배치와 리모델링 등으로 대통령 집무실을 만드는 방안을 검토하고 있는 것으로 전해졌다.
국방부 청사가 대통령 집무실이 될 경우 출·퇴근 동선을 고려할 때 관저는 삼청동 총리공관 보다는 용산구 한남동의 외교·국방 장관 공관이나 육군참모총장 공관이 될 가능성이 크다. 이들 공관은 현재 국방부근무지원단 예하 군사경찰대대가 경호하고 있다.