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감염병법에 따른 역학조사는 감염병 환자 발생 규모 파악과 감염원 추적, 예방접종 후 이상 반응 원인 규명 등에 대한 활동이고 환자의 인적 사항과 발병일, 장소, 감염 원인 등과 관련된 사항을 내용으로 한다.
재판부는 당시 방역당국이 신천지 측에 요구한 모든 교인명단과 시설현황 등은 역학조사 내용에 해당하지 않고, 감염병법으로 처벌하기 위해선 이 총회장이 거짓 자료를 제출했다는 행위가 확인돼야 하지만 확인되지 않았다고 판단했다.
1심과 2심은 정부의 방역활동을 조직적·계획적으로 방해했다는 혐의를 모두 무죄로 판단했다.
그러나 이 총회장의 교회 자금 횡령과 업무방해 등 혐의는 유죄로 인정했다. 1심은 징역 3년에 집행유예 4년을 선고했고 2심은 징역 3년에 집행유예 5년으로 처벌 수위를 다소 높였다.
대법원은 이 같은 2심의 판단에 법리 오해 등의 문제가 없다고 보고 판결을 확정했다