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지침에 따르면 내년 공공기관 총인건비는 전년대비 1.4% 인상됐다. 공공기관 간 임금격차 해소를 위해 기관 임금 수준이 관련 산업 평균 90% 이하이면서 공공기관 평균 70%인 저임금기관에 대해서는 1.9~2.4%까지 인상률을 차등화한다.
올해는 일부 기관에 대해 별도로 공무직 보수 인상률을 조정했다. 저임금기관에는 해당하지 않지만 무기직 임금 수준이 전체 공공기관 무기직 평균의 85% 이하인 경우 기관 전체 평균임금과 관계 없이 0.5%포인트 추가 인상한다.
정부는 또 총인건비 한도 외로 집행이 가능한 인건비 항목을 정비해 공공기관 보수체계 개편을 유도한다는 방침이다. 이에 따라 내년부터는 통상임금 소송결과에 따라 추가 지급하는 임금도 총인건비 한도에 포함된다.
이외에도 공공기관의 지출 구조조정 노력을 유도하기 위해 경상경비를 전년 수준에서 동결하고 업무추진비는 2.0% 삭감했다. 2020년 경영실적 평가결과가 D·E등급인 21개 기관은 경상경비를 0.5~1.0% 삭감하고 업무추진비를 2.5~3.0% 삭감했다.
이번에 확정된 예산운용지침에 따라 각 공공기관은 내년도 예산안을 확정하고, 이를 공공기관 경영정보공개시스템 알리오에 공개할 예정이다.