정부는 애초 올해부터는 의료비와 신용카드 중복공제를 허락하지 않을 방침이었다.
재정경제부는 18일 "근로자가 의료비를 신용카드나 현금영수증, 직불카드 등으로 결제할 경우 올해 연말정산분까지는 의료비 공제와 신용카드 공제를 종전처럼 모두 허용할 계획"이라고 밝혔다.
재경부는 지난 2월 조세특례제한법 시행령을 개정, 의료비공제와 신용카드공제의 중복을 피하기 위해 올해 연말정산부터는 연간급여의 3%를 초과하는 의료비를 신용카드로 결제했을 때는 초과액수에 대해 신용카드 소득공제나 의료비 공제 가운데 하나를 선택을 하도록 할 계획이었다.
또 "현금영수증으로 지출한 의료비금액은 국세청이 관리하고 있다"며 "연말에 근로자들이 국세청 홈페이지에 접속해 동시에 이를 확인할 경우 용량초과 등으로 근로자들의 불편이 예상된다"고 지적했다.
재경부는 따라서 다시 올해 중으로 조특법 시행령을 개정, 올해 연말정산분까지는 종전처럼 이중공제를 받을 수 있도록 하고 내년 정산분부터는 선택적용을 받을 수 있게 할 계획이다.