정부는 당초 '기반시설부담금에 관한 법'을 만들면서 주거용을 주거용으로 고쳐지을 경우 기존면적은 부과대상에서 제외키로 했었다. 하지만 하위법령을 만들면서 주거용을 세분화해 단독주택을 단독주택으로 짓거나 공동주택을 공동주택으로 지을 때만 기존면적을 빼주는 것으로 규정을 강화했다.
이에 대해 단독주택을 공동주택으로 고쳐 짓는 재개발 주민들이 재건축과의 형평성 문제를 들고 나오자 종전대로 주거용을 주거용으로 지을 경우 증축분에 대해서만 부과하는 것으로 가닥을 잡았다.
재개발도 재건축처럼 증축분에 대해서만 기반시설부담금이 부과될 경우 가구당 1000만-2000만원 정도 부담이 줄어든다. 강북의 한 재개발조합이 시뮬레이션한 결과에 따르면 가구당 2000만-3500만원의 기반시설부담금을 부담해야 한다.
이에 따라 면적이 넓고 땅값이 비싼 지역일수록 부담금이 많아진다. 부담금은 건축허가 후 2개월 내에 부과한다. 기반시설부담금을 내면 나중에 개발부담금에서 공제해 준다.