김 장관은 이날 국회 천안함 사건 현안질의에 대한 답변을 위해 출석, 한나라당 김동성 의원과 천안함 침몰 원인에 대한 여러 가능성에 대해 문답을 주고받던 중 김 의원이 '기뢰와 어뢰 가능성만 남는데 어느 쪽 가능성이 더 높다고 보느냐'는 질문을 받고 "두 가지 가능성이 다 있지만 어뢰 가능성이 아마 조금은 더 실제적이 아닌가 생각한다"고 답했다. 즉시 온라인 뉴스들은 '어뢰 가능성이 더 실제적'이라는 제목으로 김 장관 답변을 머리기사로 보도했다. 문제의 메모는 청와대가 국회에 나와 있던 국방부 관계자에게 김 장관 답변에 대한 우려를 전달했고, 이 관계자가 이를 요약해 다음 답변 순서를 기다리며 앉아 있던 김 장관에게 전달한 것으로 보인다. '이후 답변 때는 어뢰 외에 여러 가능성이 다 열려 있다는 취지로 답변하라'는 메시지였다.
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사진이 보도되자 청와대는 "대통령이 지시한 게 아니라 국방비서관이 TV로 답변을 보다 우려스러운 면이 있어 입장을 전달했다. 국방부에서 청와대 뜻이니 대통령 뜻이 아니겠는가 오버한 것 같다"고 해명했다.
3월 30일 이 대통령이 백령도에서 구조작업 중인 독도함을 방문했을 때 김성찬 해군참모총장으로부터 상황보고를 받는 자리에선 청와대와 국방부 간의 인식 차이가 처음 드러났다. 이 대통령은 사고 원인에 대해 "(천안함 내) 탄약고는 폭발 안 한 것인가"라며 내부폭발 가능성을 먼저 물었고, 김 총장은 "탄약폭발은 안 한 것으로 본다"고 답했다. 이 대통령은 "폭발 안 했다는 뜻인가"라고 재차 물었다. 김 총장은 "그렇다"고 답했고, 배석했던 군 관계자는 부연설명을 하며 "내부폭발은 없었던 것으로 본다"고 거들었다.
이 대통령은 "절대 예단하지 말라"면서 "기뢰가 터졌더라도 흔적은 남는가"라고 물었다. '내부폭발 또는 기뢰'라는, 청와대가 우선 상정하고 있는 가능성들을 점검한 것이다. 김 총장은 "인양해 봐야 알 수 있다"면서 묻지도 않은 "어뢰 가능성도 배제 못 한다"는 말을 덧붙였다.
군은 사건 초기엔 "예단하지 말라"는 지침에 따라 발언을 삼갔다. 그러나 내부에선 "군의 몫인 군사적 판단조차 재가를 받아야 하느냐"는 불만이 팽배해졌던 것으로 알려졌다. 이런 분위기 속에서 김 총장과 김 장관의 '어뢰 발언'이 차례로 나온 것으로 보인다. 김 장관이 "어뢰 가능성이 더 실제적"이라고 말했을 때, 군에선 "청와대가 못마땅해 할 것"이라는 예측이 나왔었다. 이날 공개된 청와대 메모는 이런 예측이 맞았음을 얘기해 주고 있다.