지난 2011년 10월 초 대통령실 관계자들과 이 대통령의 장남 이시형씨가 이 대통령이 퇴임 후 기거할 내곡동 사저부지를 매입하는 과정에서 배임 및 ‘부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률’ 위반 등의 혐의가 있다는 의혹이 제기됐다. 임태희 대통령실 실장, 김인종 대통령실 경호처장, 김백준 대통령실 총무기획비서관과 대통령실 경호처 재무관 등 4명이 청와대 대통령실 소속으로 경호처의 사업인 대통령 사저부지 매입 작업을 진행하면서 배정된 예산이 초과되자 직원을 남용해 다른 용도의 예산을 전용해 집행했다는 의혹이 나왔다.
또한 기존 부지 소유자와 부동산을 매매계약하면서 이시형씨 명의의 지분에 대해서는 매우 낮은 가격으로 계약을 하고, 국가 소유 부분에 대해서는 매우 높은 가격으로 계약을 체결해 결론적으로 이시형씨가 매수한 부분의 가격을 국가가 보전해 주는 방법으로 국가 예산을 낭비함으로써 국가게 손해를 끼쳤다는 지적이다.
민주통합당은 특별검사후보자추천의뢰서를 받은 날부터 5일 이내에 10년 이상 ‘법원조직법’ 제42조제1항제1호의 직에 있던 변호사 중에서 2명의 특별검사후보자를 대통령에게 서면으로 추천하고, 대통령은 특별검사후보자추천서를 받은 후 3일 이내에 추천후보자 중에서 1명을 특별검사로 임명해야 한다.
특별검사는 임명된 날부터 10일 동안 수사에 필요한 시설의 확보, 특별검사보의 임명요청 등 직무수행에 필요한 준비를 할 수 있고, 특별검사는 준비기간이 만료된 날의 다음 날부터 30일 이내에 사건에 대한 수사를 완료하고 공소제기 여부를 결정해야 한다. 30일 이내에 수사를 완료하지 못하거나 공소제기 여부를 결정하기 어려운 경우에는 대통령에게 그 사유를 보고하고 1회에 한해 수사기간을 15일 연장할 수 있다.