뇌수막염은 바이러스성 뇌수막염이 가장 많은 형태이며, 그 중에서도 수족구 바이러스의 원인인 엔테로바이러스가 90%를 차지한다. 콕사키바이러스와 에코바이러스 등 다양한 바이러스가 원인이 될 수 있으며, 정상적인 면역을 가지고 있는 사람이라면 1~2주 내에 대부분 자연 치유되지만 드물게 합병증이 발생할 수 있다.
세균성 뇌수막염은 가장 심각한 형태로, 폐렴구균, 수막구균, 대장균 등의 세균 감염으로 발생한다. 합병증의 발생위험이 높으며, 신속한 항생제 치료가 필요한데 10~14일 이상 치료해야한다. 결핵성 뇌수막염은 증상이 비특이적이라 진단이 늦어지는 경우가 많고 치명적인 결과가 나타날 수 있다. 진균성 뇌수막염은 면역저하 환자에게서 주로 나타난다.
뇌수막염은 원인이 다른 경우에도 비슷한 증상이 발생하므로 본인이나 보호자의 판단에 의존하는 것은 위험을 키우는 일이 될 수 있다. 정확한 진단을 위해서는 뇌척수액검사를 통해 원인 균 및 바이러스를 확인할 수 있으며, 뇌 · CT나 MRI, 혈액배양, 혈청학적 검사 및 뇌조직검사 등을 시행할 수 있다. 이를 기반으로 대증치료 및 원인에 맞는 정확한 치료를 시행한다.
세균성 뇌수막염은 예방백신이 있지만, 해외 여행이 잦아지면서 드문 원인도 많아지는 추세로 초기에는 더 심각한 뇌염 증상과 구분하기 어려울 수 있다. 따라서 뇌수막염을 효과적으로 예방하기 위해서는 백신과 더불어, 다른 감염질환들과 마찬가지로 손 씻기를 비롯한 개인 위생 강화를 통해 예방 효과를 기대할 수 있다. 특히 여름철 물놀이 전후 위생, 사람들이 많이 모이는 곳에서 오염된 물을 피하는 등에 각별한 주의를 기울여야 한다.