법원은 한국유나이티드제약이 원료의약품의 제조 기술이 없음에도 국가 기관을 기망하여 합성허가를 얻고 관련 규정을 이용해 완제의약품에 대한 보험 상환액 최고가를 받았으면서 실제로는 원료의약품을 밀수입해 사용했다는 부분에 대해 ‘혐의없음’으로 결론 내렸다. 한국유나이티드제약이 덱시부프로펜 등 원료의약품을 직접 생산할 기술을 보유하고 있었고 그에 따라 출발 물질을 이용해 원료의약품을 합성 생산했으며, 밀수입 사실에 대한 증거가 없다는 이유로 무죄를 확정한 것이다.
이후 식약처와 검찰에서도 다각도로 고강도 수사를 진행했으나, 법원은 수십 차례의 공판을 통해 검찰의 주장과 제시한 증거들을 조사하면서 한국유나이티드제약 측이 제시한 반박 증거와 수십 회의 증인 심문 등을 통해 관련 혐의에 대한 사실을 심리했고, 결국 제보자와 검찰이 주장한 바와 같은 원료의약품의 밀수입 증거를 발견할 수 없었으며, 한국유나이티드제약이 해당 원료의약품에 대한 제조 기술을 처음부터 확보하고 생산하였음을 인정하기에 이르러 혐의 사실에 대해 전부 무죄판결을 했다.
한국유나이티드제약 관계자는 “무고성 민원인의 투서로 인해 기나긴 법적 공방으로 회사의 연구개발 및 영업, 그리고 명예에 심각한 타격을 입었다”면서 “그럼에도 불구하고 개량신약 개발 등 우수의약품 개발에 매출의 10% 이상을 지속적으로 투자해 오면서 국내 제약기술을 선도하는 기업으로 성장해 왔다”고 밝혔다.