연결납세제도는 경제적 실질에 따라 해당 모회사와 자회사를 하나의 과세 단위로 보아 소득을 통산해 법인세를 과세하는 제도다. 연결납세제를 체택한 기업은 사업연도 마지막 일부터 4개월 안에 연결기준으로 모회사만 세액을 신고해 납부하면 된다. 자회사는 부담해야 할 법인세를 신고기한까지 모회사에 지급하면 된다.
적용 대상은 모회사와 완전지배관계(지분율 100%)에 있는 자회사로, 지난 2007년 귀속 모회사 기준으로 약 1800개가 있다. 우리사주조합과 주식매수선택권(스톡옵션) 행사에 따른 주식은 5% 범위 안에서 예외가 인정되며, 비영리법인이나 청산 중인 법인, 투자회사 등 명목회사(페이퍼컴퍼니)는 적용 대상이 아니다.
국세청은 결손금통산과 과세이연 등이 가능해져 기업들의 세금부담이 큰 폭으로 줄 수 있을 것으로 기대했다.
한편 미국, 프랑스, 영국, 독일 등 경제협력개발기구(OECD) 회원국 중 21개 국가에서 현재 연결납세제도를 시행 중이다.