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원고는 농촌진흥청 국립농업과학원장과 지난 2015년 1월1일~2017년 12월31일까지 원고를 연구책임자로 해 협동연구계약을 체결했다.
이후 교육부는 2021년 3월30일~31일까지 A대학 조사 결과 원고가 이 사건 연구과제 관련해 연구원들의 통장 교부받아 관리하거나 연구원이 수령한 인건비 중 일부를 교부받는 방법으로 학생인건비 3700만원을 공동관리했다고 판단했다.
농촌진흥청은 이 사건 처분으로 원고의 법률상 직접적이고 구체적인 이익이 침해된다고 볼 수 없어 원고적격이 없다고 주장했다. 그러나 재판부는 원고가 이 사건 각 처분을 다툴 법률상 이익이 있다고 봄이 타당해 피고 항변을 받아들일 수 없다고 판단했다.
다만 재판부는 원고가 이 사건 처분이 재량권 일탈·남용에 해당한다는 주장에 대해서는 배척했다.
재판부는 “학생인건비를 공동관리하는 악습은 근절되지 아니한 채 지속적으로 이루어져 왔다”며 “피고의 공동관리 행위에 대해 법이 예정하는 응분의 제재를 가함으로써 잘못된 관행을 바로잡을 공익상의 필요성이 크다”고 판시했다.
이어 “특히 원고가 이 사건 연구과제 뿐만 아니라 장기간 다수 연구과제를 수행하면서 상당한 금액을 공동관리 해왔다는 점을 고려하면 일정 수준의 환수처분 및 제재부가금 부과 처분은불가피하다”며 “법정 상한 금액을 후러씬 하회하는 범위 내에서 환수금과 제재부가금을 정한 피고의 처분은 합리성과 공정성을 의심할 만한 사정이 없다”고 설명했다.