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특히 민특법상 의무임대기간과 세법상 의무임대기간이 일치하지 않는다. 민특법상 단기임대의 경우 의무임대기간은 4년인데 반해 세법상 장기임대사업자의 세제혜택은 의무임대기간이 5년부터이다. 이번에 민특법이 개정되면서 단기 임대사업자의 경우 의무임대기간 4년이 경과된 임대주택은 자동으로 말소됐다. 그러다보니 세법상 규정된 의무임대기간에 미달되어 세제혜택을 받을 수 없게 되는 문제가 발생한다.
세법에서도 민특법 개정에 따른 불이익을 없애기 위해 해당조항을 개정해 의무임대기간 단축으로 세법상 의무기간에 미달되더라도 불이익을 없게 해줬다. 자동말소 뿐만 아니라 의무임대기간을 50% 경과해 자진말소한 임대주택도 세제혜택을 줬다. 반면에 해당주택의 양도기한을 줘서 임대주택이 시장에 매물로 나올 수 있도록 규정했다.
장기임대사업자에 대한 종합부동산세 합산배제는 과세기준일인 6월 1일 현재를 기준으로 임대사업자 여부를 따진다. 6월 1일 이후에 말소된 경우에는 불이익이 없다.
장기임대사업자에 대한 세제혜택은 2018년 9월 13일 이전 취득자는 종전대로 세제 혜택을 받는다. 2018년 9월 14일 이후 조정대상지역 1주택자가 조정대상지역의 1주택을 추가로 취득한 경우 다주택자에 대한 중과세 배제 혜택과 종합부동산세 합산배제 혜택은 받을 수 없다.
2018년 9월 13일 이전 취득이냐 9월 14일 이후 취득이냐 판단기준은 주택(조합원입주권·분양권 포함)을 취득하기 위해 계약금을 지급하고 계약을 체결한 날이다.
따라서 2018년 9월 13일 이전에 조정대상지역에서 추가로 취득한 1주택이거나 비조정대상지역에 소재한 주택으로써 개정된 민특법에 의해 임대등록을 한다면 다주택 중과세 배제, 종부세 합산배제, 거주주택 비과세 특례 등 세제혜택을 모두 받을 수 있다.
다만 의무임대기간이 10년으로 늘어난 점, 아파트 이외의 주택(단독·다가구·다세대·연립·주거용오피스텔 등)만 가능하다는 점을 감안해야 한다.