난개발에 대한 우려가 강하게 제기됐지만 부동산시장은 뉴타운 지정 소식에 즉각 반응했다. 시범지구 선정지역인 성동·성북·은평구 등 3곳은 2002년 말 기준 3.3㎡당 아파트값이 전년 대비 20%가량 치솟았다. 성동구는 3.3㎡당 714만원에서 883만원으로 23.7% 뛰었고, 은평구와 성북구도 각각 514만원·584만원에서 617만원·689만원으로 18~20% 올랐다. 시범지구에는 위장 전입자가 전년보다 2~3배 이상 늘어 서울시가 각 자치구와 합동 단속을 벌이기도 했다.
뉴타운의 위력을 확인한 서울시는 시범지구 지정 1년 후인 2003년 10월 강북구 미아동과 서대문구 홍제동 등 2차 뉴타운 12곳을 추가로 발표했다. 2차 지정이 이뤄지자 개발 열풍은 삽시간에 서울 전역으로 들불처럼 번져나갔다. 연이은 뉴타운 지구 지정으로 2003년 말 서울 아파트 평균 매매가격은 3.3㎡당 1141만원을 기록해 2년 전인 2001년 말(779만원)보다 46.5%나 폭등했다.
2006~2007년 부동산시장 활황기를 거치며 승승장구하던 뉴타운 사업은 2008년말 글로벌 금융위기에 직격탄을 맞았다. 공사가 마무리 단계인 지역을 제외한 대부분의 뉴타운 사업이 한순간 얼어붙었고 각 지역에선 사업 재개와 백지화를 두고 극심한 갈등이 빚어졌다. 서울 아파트값도 2009년 말 3.3㎡당 1839만원에서 2013년 1613만원으로 4년 새 12% 이상 하락했다.
결국 2011년 재보궐 선거로 당선된 박원순 서울시장은 2012년 1월 ‘뉴타운 출구전략’을 발표했다. 이후 2013년 6월 창인·숭인뉴타운을 시작으로 곳곳에서 지구 해제가 대거 이뤄졌다.