이번 감리위의 핵심 쟁점은 크게 두 가지다. 미국 바이오젠이 실제로 콜옵션을 행사할 의향이 있었는지와 삼성바이오에피스의 기업가치를 제대로 산정했는지가 그 것이다. 바이오젠은 삼성바이오로직스와 공동으로 삼성바이오에피스를 설립하면서 2016년 6월말까지 삼성바이오에피스 지분의 50%-1주까지 확보할 수 있는 콜옵션을 부여받았다.
금감원은 또 바이오젠이 콜옵션을 행사할 의지가 없었음에도 불구하고 삼성바이오로직스가 콜옵션 행사를 제안했다는 입장이고, 삼성바이오로직스는 삼성바이오에피스의 기업가치가 올라가 바이오젠이 이익을 보게 된 상황인 만큼 콜옵션 행사에 바이오젠의 의지는 관련이 없다고 맞서고 있다.
금감원은 삼성바이오에피스의 기업가치가 제대로 산정됐는지 문제삼을 수 있다. 삼성바이오에피스의 기업가치는 기관에 따라 1조5000억원대에서 10조원대까지 다양하다. 삼성바이오에피스는 2015년부터 국내와 유럽에서 연속적으로 바이오시밀러 시판허가를 받으면서 기업가치가 높아졌다. 금감원은 제품 판매 승인이 나오기 전 측정한 기업가치는 인정할 수 없다는 입장이고 삼성바이오로직스 기업가치 산정은 자체 판단이 아니라 복수의 회계기관들이 독립적으로 판단한 것으로 삼성 측의 의도가 없었다고 주장하고 있다.
일각에서는 증권선물위원회 최종 결정까지 꽤 오랜 시일이 걸릴 것으로 예상하고 있다. 양측의 입장이 팽팽하게 맞서고 있어 판단이 쉽지 않기 때문이다.
한편, 금융위는 17일 임시 감리위 모든 내용을 속기록으로 남기기로 결정했다. 감리위 속기록 작성은 의무가 아님에도 사후 논란을 원천 차단하겠다는 의지로 풀이된다. 하지만 작성된 속기록의 공개 여부는 추후에 공개하기로 했다.