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이날 열릴 이 후보자의 인사청문회 가장 큰 쟁점은 윤 대통령과의 친분이 될 것으로 보인다. 이 후보자는 서울대 법대 79학번으로 윤 대통령과 동기이며 막역한 사이인 것으로 알려졌다. 윤 대통령이 검찰총장 재직 당시 청구했던 검사징계법 헌법소원 사건에서 이 후보자가 사건을 회피할 정도로 두 사람은 친한 사이인 것으로 알려졌다.
이 후보자는 윤 대통령과의 친분으로 인해 판결의 중립성이 흔들릴 수 있다는 우려에 대해 사실이 아니라고 주장하고 있다. 이 후보자는 국회에 보낸 청문회 서면질의를 통해 윤 대통령과의 관계에 대해 ’서울대 법과대학 79학번 동기‘로 정의하고 “사적인 만남을 가지지 않는다”고 주장했다. 그는 “대통령과의 친소관계가 사법부 독립에 영향을 미치지 않도록 임무를 수행하겠다”라는 뜻을 밝히기도 했다.
현재 헌재재판관 중 가장 보수적인 인물이라는 점 역시 하나의 쟁점이 될 것으로 보인다. 이 후보자는 2019년 4월 낙태죄에 대해 합헌 결정을 내리기도 했다. 2021년 1월에는 고위공직자범죄수사처 설치 및 운영에 관한 법률(공수처법)에 대해 위헌 결정을 내렸다. 또 이른바 ‘검수완박’(검찰 수사권 완전 박탈) 법안에 관한 권한쟁의심판에서는 입법 취소 결정을 내렸으며 지난 7월 기각 결정이 된 이상민 행정안전부 장관의 탄핵 사건의 주심을 맡기도 했다.
여당은 현재 사법부 양대 수장 공백이라는 초유의 사태를 언급하며 야당에 청문회 무사 통과를 압박할 것으로 보인다. 전주혜 국민의힘 대변인은 지난달 18일 논평을 통해 “야권은 벌써부터 이종석 후보자에 대해 ‘대통령 친구’라는 이유로 ‘묻지마 반대’ 검증을 예고했다”며 “이재명 사법리스크를 이유로 검수완박을 추진한 전력이 있는 민주당이 대법원장에 이어 헌법재판소마저 공백 사태를 불러일으켜 사법부 길들이기에 나선 것은 아닌지 심히 우려스럽다”고 강조한 바 있다.