녹색사업단은 노무현정부 때인 지난 2006년 녹색자금(산림환경기능증진자금) 관리를 위해 설립됐다. 이후 이명박정부는 2008년 녹색사업단의 업무에 해외 산림개발을 추가했고, 2010년에는 산림탄소 상쇄제도 관리 기능도 부여했다.
그러나 사업인력보다 지원인력을 상대적으로 과다 운용하는 비효율이 지적됨에 따라 지난 5월 제8차 공공기관운영위원회에서 녹색사업단의 기능조정이 결정됐다.
개정안이 통과되면 해외산림 개발·산림탄소 상쇄제도 관리 등의 산림경제 업무는 한국임업진흥공단으로 이관되고, 녹색자금 운용·산림체험 교육 등의 산림복지 업무는 내년 3월 신설되는 한국산림복지진흥원으로 이관된다.
그러나 유사·중복 업무를 해소하기 위해 녹색사업단을 해체하면서 한국산림복지진흥원을 새로 설립하는 것은 앞뒤가 맞지 않는다는 지적도 나온다.