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공수처법 제27조에 의하면 공수처는 기소권 존재 여부와 무관하게, 모든 수사 대상 범죄에 대한 불기소결정권이 존재한다. 또 제29조에 의하면 기소권 없는 사건의 불기소결정에 대해서 고소·고발인은 재정신청을 할 수 있는데, 해당 조항은 공수처에서 해당 ‘불기소기록’을 보유하고 있음을 전제하고 있다.
헌법재판소 결정에서도 공수처 검사는 검찰청 검사와 같은 권한이 존재한다며 직무수행에 있어 검찰청법 제4조에 따른 검사의 직무를 수행할 수 있다고 판시하고 있다.
이에 공수처 검사 역시 검찰청법상 검사가 할 수 있는 사건처분권(공소제기·불기소처분 권한)을 가지고 있다는 판단이다.
기소권 없는 사건의 재정신청에 대해 법원은 공수처에서 불기소처분을 내리는 것이 적법하다는 전제로 기각결정을 내리고 있다는 설명이다.
공수처는 기소권 없는 사건에 대한 불기소결정권이 존재하므로 불기소결정 시 관계 서류 등을 서울중앙지검에 송부하는 규정을 삭제하고 공소제기를 요구하는 경우에는 현행과 같이 관계 서류 등을 서울중앙지검에 송부하도록 한다는 방침이다. 개정 사건사무규칙은 공수처 수사 관련 자문 및 심의 업무의 효율을 극대화하기 위해, ‘수사자문단’을 폐지하고, 이를 ‘수사심의위원회’에 통합했다.
공수처 관계자는 “개정 사건사무규칙 시행을 통해 공수처 수사가 법과 원칙에 의해 공정하고 투명하게 처리될 수 있도록 노력할 예정”이라고 말했다.
같은 법 제26조 2항에선 1항에 따라 사건을 넘겨받은 검사가 공수처장에게 공소제기 여부를 통보하도록 규정하고 있다.
법무부는 공수처 불기소 처분 불복에 따라 고소·고발인이 재정신청을 하는 경우에도 문제가 발생할 수 있다고 보고 있다.
법원이 재정신청을 받아들일 경우 검사는 즉시 공소를 제기해야 하는데, 이 경우 공수처 검사가 기소권이 없는 사건에 대해 기소를 하는 모순적 상황이 발생할 수 있다는 우려에서다.