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이들은 2019년 3월 22일 김 전 차관이 출국을 시도하자 불법적으로 저지한 혐의로 재판에 넘겨졌다. 당시 이 전 비서관은 출국금지 과정을 전반적으로 주도하고 차 전 연구위원(당시 법무부 출입국본부장)은 김 전 차관의 개인정보 조회 내용을 보고받고 출국금지 요청을 승인한 혐의를 받는다.
이 검사(당시 대검찰청 과거사 진상조사단 소속 검사)는 무혐의 처분을 받은 과거 사건번호를 기재해 출국금지를 요청하고 사후 승인요청서에는 존재하지 않는 서울동부지검 내사번호를 기재한 혐의 등을 받는다.
이어 “결과적으로 김학의에 대한 긴급출국금지는 법률상 요건을 충족하지 못한 그릇된 선택”이라면서도 “당시 일반출국금지는 충분히 가능했고 애초부터 어떤 방법으로도 출국금지를 할 수 없었던 일반인의 출국을 저지한 경우와는 달리 평가돼야 한다”고 설명했다.
이 연구위원은 대검찰청 반부패강력부장으로 재직하던 2019년 6월, 수원지검 안양지청에 수사 중단 외압을 행사한 혐의로 재판에 넘겨졌다.
재판부는 “‘김학의 긴급출국금지조치는 법무부와 대검찰청이 이미 협의한 사항’이라고 설명하거나 ‘조사과정을 녹화한 영상이 있는지’ 물어본 것 정도를 위법하고 부당한 외압으로 보기 어렵다”고 판단했다.
다만 법원은 이 검사가 서울동부지검장 대리인 자격을 허위로 기재해 긴급출국금지 승인요청서를 작성하고, 관련 서류를 숨긴 혐의만을 유죄로 보고 징역 4월의 선고를 유예했다.
한편 2022년 8월 김 전 차관은 뇌물수수 혐의에 대해 대법원으로부터 최종 무죄를 선고받았다. 2013년 ‘별장 성접대’ 의혹이 불거진 지 약 9년 만에 관련 형사처벌 절차가 종결된 것이다. 김 전 차관은 공소시효가 지났거나 증거부족을 이유로 모두 면소 또는 무죄 판결을 받아 처벌을 피했다.