한국천주교주교회의 생명운동본부(본부장 이성효 주교)는 "식약청이 의약품 재분류를 통해 응급피임약을 일반의약품으로 분류하고, 향후 공청회와 중앙약사심의위원회를 거쳐 확정할 계획이라고 한다"면서 "심히 유감스럽게 생각하며, 응급피임약의 일반의약품 전환을 반대한다"고 밝혔다.
주교회의는 반대 이유로 크게 세 가지를 꼽았다.
둘째, 응급피임약을 일반의약품으로 전환해야 한다고 주장하는 사람들은 응급피임약의 접근성을 높여야 원치 않는 임신과 낙태를 줄일 수 있다고 주장하고 있으나 실상은 그렇지 못하다. 실제로 1998년부터 2006년 사이에 보고된 10개국 23개의 연구결과에 따르면, 응급피임약 사전 보급이 낙태율을 낮추지 못했고, 응급피임약의 접근성을 높여도 준비되지 않은 임신이나 낙태의 비율을 크게 감소시키는 결과를 얻지 못했으며. 응급피임약의 접근성을 높일 경우 오히려 응급피임약 사용이 늘어남으로써 남용하게 되고, 특히 청소년들의 성문란을 조장하며, 청소년들의 낙태와 성병 증가의 원인이 되고 있는 것으로 나타났다.
주교회의는 "응급피임약 문제는 단순히 약리적인 문제만으로 다룰 수 없고, 윤리적, 사회적, 의료적 문제들을 함께 고려해서 다뤄져야 한다"며 재고를 촉구했다.