우선 국방부는 더불어민주당 국방위원들이 지난 5월 24일과 26일에 열린 NSC 실무조정회의와 상임위원회의에서 ‘월북 번복’과 ‘수사종결’을 모두 기획한 것이라고 주장한 것은 사실이 아니라고 반박했다. 당시 NSC 회의에서는 ‘서해공무원 피살사건 관련 정보공개청구소송 항소 취하’와 관련한 사항이 논의됐었다는 것이다. ‘월북번복’과 ‘수사종결’에 대해 논의되지 않았다는 입장이다.
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또 국방부는 지난 6월 16일 서해 공무원 피살사건과 관련한 보도자료에 대해 “해경의 정보공개 청구소송 항소 취하 및 수사종결 등과 연계해 국방부가 자체적으로 내부 논의를 거쳐 유족과 국민께 정확한 사실을 알릴 필요가 있다고 판단해 추진한 것”이라고 밝혔다.
이어 “5월 24일 NSC 실무조정회의에서 개입은 시작됐다”며, “안보실 1차장이 주관했고, 국방부 차관이 참석했으며 NSC와 무관한 해양경찰청장과 수사국장이 참석했다”고 했다.
그러면서 “이후 해경은 5월 31일 수사종결을 건의받아 6월 3일 수사중지를 의결했고, 국방부는 정책기획차장 주재로 회의를 열어 6월 3일부터 16일까지 추가설명 보도자료를 작성했다”고 강조했다.
지난 6월 새로운 증거도 나오지 않았는데 돌연 수사결과를 뒤집고 수사를 종결한 것은 대통령실 국가안보실 주도로 관계 기관이 종결 시점을 정하고 말을 맞춘 것이라는게 민주당 주장이다.