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정부는 두 법안 모두 특별검사 후보자 추천권을 야당에만 부여하고 있어 삼권분립 원칙을 위반한다고 지적했다. 또한 두 법안이 수사 인력 155명, 수사 기간 150일로 역대 최대 규모를 설정한 점에 대해 “과잉수사로 인한 인권침해 위험성이 상당하다”고 우려를 표했다. 이는 과거 최대 규모였던 국정농단 특검(105명, 100일)을 크게 웃도는 수준으로, 수백억원의 예산 낭비가 우려된다고 정부는 지적했다.
‘순직해병 특검법안’에 대해서는 더 다양한 문제점들이 제기됐다. 정부는 이 법안이 대법원장에게 특별검사 후보자 추천권을 부여하면서도 야당이 사실상 ‘비토권’을 행사할 수 있게 함으로써 제3자 추천을 형해화했다고 지적했다. 또한 고위공직자범죄수사처(공수처)나 검찰이 이미 수사 중인 사안에 대해서도 특검이 수사할 수 있게 해 특별검사의 보충성·예외성 원칙을 위배했다고 비판했다. 특검에게 행정부 소속 수사기관이 제기한 공소를 취소할 수 있는 권한을 부여해 권력분립 원칙을 훼손했다는 점도 지적됐다. 실시간 언론 브리핑 허용으로 인한 사건 관계인의 명예훼손과 사생활 침해 우려, 수사방해금지 및 회피의무 규정을 근거로 정부에 대한 부당한 정치적 공세가 우려된다는 점도 문제로 제기됐다.
이에 정부는 “이번 특검법안들이 대통령의 인권보장과 헌법수호 책무 및 위헌적 법률을 방지할 의무에 반한다고 보고 재의요구를 결정했다”고 설명했다.
이번 재의요구 결정으로 해당 특검법안들은 다시 국회로 돌아가게 된다. 국회는 재의요구된 법안을 재의결할 경우 재적의원 과반수 출석과 출석의원 3분의 2 이상의 찬성이 필요하다.