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그는 “법무부는 유일하게 장관급이 둘이나 있는 특이한 조직이다. 법무부 장관과 장관급인 검찰 총장이 그것”이라며 “검찰은 경찰과 달리 예산과 인사권을 법무부 장관이 가지고 있고 특히 인사에서는 관례상 총장과 협의를 하곤 있지만 이는 장관의 전권”이라고 밝혔다.
홍 의원은 이런 특이한 구조 탓에 장관과 총장 간 항명사태가 발생하기도 했다고 했다. 그는 “2005(년) 강종구 교수 국가 보안법 사건에서 천정배 법무부 장관이 불구속 수사 지시를 김종빈 총장에게 했으나 김종빈 총장은 이를 거부하고 강종구 교수를 구속 기소했다”며 “법조인답게 부당한 지시라도 장관에게 항명했으니 사표를 제출하고 검찰을 떠났다”고 설명했다.
그러면서 윤 총장의 태도를 지적했다. 그는 “추미애 장관의 연이은 수사 지휘권 발동이 부당하다고 생각했다면 당당하게 이를 거부 해야 했다”고 강조했다.
그는 “같은 편끼리 서로 영역 싸움을 하는 것도 한 번 두 번이지 아무런 명분없이 니전투구 하는 것은 보는 국민만 짜증 나게한다. 둘 다 물러 나십시오”라고 했다.