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법무부가 이 같은 주장의 근거로 삼은 것은 ‘출입국관리법’ 제4조 2항이다. 이 법령에선 “법무부 장관은 범죄 수사를 위해 출국이 적당하지 아니하다고 인정되는 사람에 대해서는 1개월 이내의 기간을 정해 출국을 금지할 수 있다”고 정하고 있다.
이에 대해 법무부는 “통상 실무상으로는 수사기관의 요청이 있으면 해당자의 ‘출국의 부적당 여부’를 판단해 출금이 이뤄지고 있다”면서도 “통상적인 실무가 이렇다고 해 법무부 장관이 직권으로 출국금지를 할 수 없는 것은 아니다”고 해석했다.
그러면서 “당시 김 전 차관이 출석에 불응하는 상황에서 행방불명과 국외 도피 가능성 등이 언론에서 대대적으로 보도되고 있었다”며 “만약 긴급 출금 요청이 없었다면 법무부 장관 직권으로라도 했을 것이며, 하지 않았더라면 오히려 국민에 대한 직무유기가 될 수 있는 상황이었다”고 정당성을 강조했다. 일부 절차에 논란이 있지만 결과적으로 법무부가 출금을 승인한 것 자체에는 문제가 없다는 의미로 해석된다.
법무부는 또 김 전 차관에 대한 긴급 출금을 요청한 이규원 당시 대검찰청 과거사 진상조사단 소속 파견검사가 출금 요청 권한이 없다는 논란에 대해서도 반박했다.
법무부 소속 공무원들이 김 전 차관의 출입국기록을 수백 차례에 걸쳐 불법 조회했다는 논란 역시 정당한 조회였다는 입장이다.
법무부는 “언론보도의 진위 확인, 출국심사 경위 파악, 출국금지 업무처리 등을 위해 조회한 것으로 이는 긴급한 현장 대응 및 사후처리 등을 위한 차원이었다”며 “ 당시 출입국직원들의 조회 횟수가 수백 회라고 보도됐으나, 확인 결과 실제 조회 횟수는 시스템 로그 기록 보다 훨씬 적은 것으로 파악됐다”고 전했다.
한편, 이번 논란은 김 전 차관 출금 과정에 권한이 없는 검사가 김 전 차관에 대한 출금을 요청하는 과정에서 무혐의 처리된 사건번호와 가짜 내사번호를 동원했다는 내용의 공익신고서가 수면 위로 떠오르면서 시작했다. 당시 김 전 차관에 대해선 성접대·뇌물수수 의혹이 제기된 상태였다.